丸山真男提出的两大方法论，即文化接触论与古层论，对于整体把握日本思想文化的特征显得至关重要。探究日本思想文化的本质特征时，不仅需要从时间变化考虑文化的发展轨迹，也需要从空间广度思考日本与东亚其他思想文化间的相互影响。在近代之前，东亚地区出现的这些思想文化传播以及互相影响的关系，并非同步进行的，它们之间存在着明显的时间差。各个文化圈相互封锁的独特性并不会因文化的传播和相互影响而有所动摇，但不可忽视的是外来思想文化传入日本之际不断地受到日本本土思想文化的修正。象征着天皇制的古层在日本历史演进中虽然不是一帆风顺，但始终连绵不绝。可以说不断接纳外来文明的同时又不断对其修正与演变的历史，才是真正的日本历史。