2014年年末发布的《中国学术期刊影响因子年报（人文社会科学）2014年（第12卷）》中，《日本学刊》被选为统计源期刊，在"世界政治"类43本期刊中排名第九，并在国别研究期刊中名列第一。在该年报2013年版中，《日本学刊》排名第13位，2014年上升4位。

该年报由中国社会科学文献评价研究中心和清华大学图书馆研制、《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司出版，每年发布，旨在客观、规范地评估学术期刊对科研创新的作用，为学术期刊提高办刊质量和水平提供决策参考。《日本学刊》入选《中国学术期刊影响因子年报》统计源期刊，并且排名逐年上升，表明其期刊影响力进一步提升，业已成为中国的日本研究乃至国际问题研究领域的重要学术刊物。